Situado en pleno casco histórico de la capital vasca, el museo se concibe como un cofre que esconde en su interior el tesoro que la historia ha dejado; hermético y denso por fuera, busca ser sugerente y mágico en el interior. El nuevo edificio comparte el patio de acceso con el anejo Palacio de Bendaña que alberga otro museo; para ampliar las dimensiones del patio únicamente se utiliza una franja estrecha que se construye como si fuera un apéndice del edificio existente. Dado el desnivel de la parcela se ingresa es a través de un puente ubicado sobre un jardín que ilumina las funciones bajo rasante.
